В 1946 году по приказу Министерства здравоохранения РФ на базе одного из эвакогоспиталей г. Иркутска был образован Иркутский научно-исследовательский институт травматологии и ортопедии.
Первым директором НИИТО был назначен старший хирург-инспектор эвакогоспиталей Иосиф Лазаревич Шварцберг.
С 1948 по 1967 гг. директором НИИТО была д.м.н., профессор Базилевская Зоя Васильевна.
Кроме лечения инвалидов и ветеранов войны, институт оказывал лечебную и консультативную помощь гражданскому населению с заболеваниями опорно-двигательного аппарата. Институт активно участвовал в становлении и совершенствовании ортопедо-травматологической службы в Сибири, на Дальнем Востоке, Сахалине и Камчатке, где она до сих пор отсутствовала.
Главным научным направлением в то время было изучение травм и заболеваний позвоночника и спинного мозга, а также медицинская и социальная реабилитация инвалидов и участников войны. Вспышка полиомиелита в пятидесятых годах заставила коллектив института заняться вопросами лечения и профилактики этого заболевания. Директором института профессором З.В. Базилевской был создан полиомиелитный центр с филиалами во многих районах области.
Впервые в Иркутске провели операции при сколиозах и врожденных вывихах бедра, а также в связи с ростом производственного травматизма началась работа по анализу травматизма в угольной промышленности, изучался патогенез уровской болезни.
НИИТО добился того, что практически с нулевого цикла травматолого-ортопедическая служба в городе, области, Восточной Сибири, Дальнем Востоке, Республиках Бурятия, Тува, Якутия доведена до современного уровня как в качественном, так и количественном плане.
Научно-исследовательская работа, проводимая институтом, многогранна, начиная от вопросов организации научно-обоснованной системы травматолого-ортопедической службы, подготовки высококвалифицированных и высокоспециализированных кадров для всей курируемой территории, координации научных программ по совершенствованию оказания травматолого-ортопедической помощи населению, внедрение в практическое здравоохранение новых разработок диагностики и лечения патологии опорно-двигательного аппарата, развитие и совершенствования материально-технической базы и безусловно постоянная лечебно-консультативная и методическая помощь.
Иркутский НИИТО в течение долгих лет занимался подготовкой кадров травматологов-ортопедов для практического здравоохранения всего региона, подключая и кафедру травматологии и ортопедии Иркутского ГИДУВа. Министерством здравоохранения РФ и СССР за огромный вклад, внесенный в развитие, становление и совершенствование службы в городе, Иркутской области и регионе, неоднократно были отмечены наградами и благодарностями директора ИТО и работники Института.
В 1967–1973 гг. директором института был к.м.н. Заслуженный врач РФ Проничев Николай Ильич.
В 60-е годы институт пережил коренную перестройку. Закончилось строительство лабораторно-экспериментального корпуса, укрупнение операционно-анестезиологического отделения, расширение лабораторий физиологии, функциональных методов исследования, был создан межобластной нейрохирургический центр.
В это же время основным научным направлением стала проблема лечения посттравматических ложных суставов и несросшихся переломов длинных трубчатых костей, но также продолжалась работа по изучению ортопедической патологии детей и взрослых (сколиозов, врожденных вывихов бедра, кривошеи, косолапости). С 1968 года в НИИТО открывается очная аспирантура и клиническая ординатура. Курс травматологии и ортопедии, который вела профессор З.В. Базилевская, реорганизуется в кафедру травматологии и ортопедии Иркутского государственного медицинского института.
С 1974 по 1992 гг. НИИТО возглавляла д.м.н., профессор, Заслуженный деятель науки РФ Зырянова Татьяна Дмитриевна.
В 1974 году открылось отделение осложненной травмы и началась разработка вопросов регенерации тканей опорно-двигательной системы, работа по совершенствованию методов диагностики и хирургического лечения доброкачественных и злокачественных костных опухолей в Сибири и на Дальнем Востоке.
Все это проходило параллельно с решением задач, связанных со строительством БАМ. Институт одним из первых среди научных медицинских учреждений страны стал заниматься вопросами травматизма на БАМе и организации помощи пострадавшим на этапах эвакуации. За 10 лет курации было сделано около 5000 выездов, в том числе и по экстренным вызовам. Проводились выездные заседания Байкальского научного общества травматологов-ортопедов, а также конференции с участием руководителей строительства и медико-санитарной службы БАМ.
В 1992–2000 гг. директором института был д.м.н., профессор, Лауреат Государственной премии РФ, Заслуженный деятель науки и техники РФ Барабаш Анатолий Петрович.
С 1992 года институт начал изучение регенерации тканей опорно-двигательной системы в различных условиях среды обитания человека. Развивается новое направление в чрескостном остеосинтезе – комбинированный остеосинтез. Большое место отводилось вопросам иммунологии, бескровным методам лечения костной патологии.
В 2002 г. институт возглавлял д.м.н. Шендеров Владимир Александрович.
С 2002 по 2012 гг. институт возглавлял д.м.н., профессор Сороковиков Владимир Алексеевич. С 2016 В.А. Сороковиков возглавляет Иркутский научный центр хирургии и травматологии.
Согласно постановлению ГКНТ СССР № 5 от 6.02.81 и приказу Министра Здравоохранения СССР № 572 от 27.05.81 в Иркутске создан Сибирский филиал Всесоюзного научного центра хирургии Академии медицинских наук СССР, объединенный с кафедрой госпитальной хирургии Иркутского государственного медицинского института.
В мае 1988 года СФ ВНЦХ АМН СССР преобразован в Институт хирургии Восточно-Сибирского научного центра СО АМН СССР (приказ МЗ СССР № 300 от 17.05.88)
С момента организации СФ ВНЦХ АМН СССР (с 1981 г.) по 1988 год директором института хирургии был к.м.н., доцент Всеволод Иванович Астафьев (одновременно – заведующий кафедрой госпитальной хирургии ИГМУ).
В.И. Астафьеву принадлежала большая заслуга в формировании научных направлений филиала. Научные исследования по эндоваскулярной хирургии, хирургическому лечению ИБС, коррекции приобретенных пороков сердца, исследования по хирургической инфекции послужили основой для выполнения комплексных тем.
С момента организации филиала его клинической базой стала Областная Ордена «Знак почета» клиническая больница, созданная во многом благодаря инициативе В.И. Астафьева, и ее отделения: хирургии сердца, грудной хирургии, хирургической гастроэнтерологии и неотложной хирургии, хирургической инфекции, рентгенологии, функциональной диагностики, лабораторной диагностики и др.
В мае 1988 Сибирский филиал ВНЦХ АМН СССР преобразован в научно-исследовательский институт хирургии Восточно-Сибирского филиала Сибирского отделения АМН СССР. Директором института был назначен д.м.н., профессор Юрий Иванович Морозов.
В институте продолжены исследования по разработке и усовершенствованию методов диагностики хирургического лечения гнойно-воспалительных заболеваний груди и живота, исследования по комплексному лечению осложненных форм коронарного атеросклероза. Проводились научные исследования по разработке способов лечения сахарного диабета и его осложнений на основе трансплантационных методов.
В феврале 1993 г. институт хирургии ВСНЦ СО РАМН возглавил заведующий кафедрой госпитальной хирургии ИГМУ член-корреспондент РАМН Евгений Георгиевич Григорьев.
С 1998 года Институт хирургии ВСНЦ СО РАМН и Научно-исследовательский институт травматологии ВСНЦ СО РАМН вошли в состав Иркутского научного центра хирургии и травматологии. Объединенный центр до 2015 года возглавлял член-корр. РАН Евгений Георгиевич Григорьев. С 2015 года директором центра является д.м.н., профессор Владимир Алексеевич Сороковиков.